土壤有机质缺乏还会导致果树缺素症和各种病害。果树土壤有机质缺乏,土壤瘦瘠易诱致缺锌症;在强酸性上中或沙质土中,如土壤缺锌、铜、镁、铁元素,可伴随缺锰;有机质是土壤中硼的主要来源之一,有机质含量高的土壤中水溶态硼含量也多。园土粘重、土层浅薄、有机质含量低易发生炭疽病;属于管理、肥水不足、土壤缺乏有机质、树势衰弱的果园会发生黑斑(黑星)病并且较重。
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