花椒根腐病经常发生在成年花椒园以及苗圃当中，是一种土传病害。受害的植株根部会发生变色，并且腐烂，带有异臭味，根皮根木质部会脱落，木质呈现出黑色，地上部分叶子非常的小，而且带有黄色枝条发育也不健全，严重的时候会死亡。
防治措施
1、一定要合理调整花椒苗布局，改善排水的不畅，使环境阴湿的花椒园更加通风干燥。
2、一定要做好幼苗时期的管理选择出来的苗木一定要严格测试挑选。
3、以15%的粉锈宁500到800倍的液消毒土壤。
4、施肥步骤也相当的关键，一旦产生病苗时候一定要及时的拔除。
5、在四月份的时候一定要及时的用消毒液去灌溉成年树苗，能够有效地阻止疾病发生。在夏季的时候，如果能够直接灌根，能够有效地缓解发病率。
二、花椒锈病
无刺花椒苗最容易产生的疾病就是这一种，目前在我国也是广泛分布。一旦严重的时候，花椒叶会提早的掉落，直接影响到第二年的果实率。在发病初期叶子的正面会出现翠绿斑，并且带有包状物。碰到降雨天数比较多的情况，危害就更容易产生。
防治措施
1、在还没有发病的时候就一定要先采取药剂来预防，另外，一旦病情发生的时候一定要选择正确的药继续防治。