微生物肥料的种类很多,按照制品中特定的微生物种类分为细菌肥料(如根瘤菌肥、田氮菌肥)、放线菌肥料(如扰生菌肥料)和真菌类肥料(如菌根真菌);按其作用机理分为根瘤菌肥料、固氮菌肥料(自生或联合共生类)、解磷菌类肥料和硅酸盐菌类肥料等,按其制品中组分不同分为单一微生物肥料和复合(或复混)微生物肥料.复合(或复混)微生物肥料有菌与菌复合.也有菌与各种添加剂复合。
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