玉米烘干机在进行烘干作业时，会产生很多粉尘，这些粉尘不仅是污染环境，还会直接危害操作人员的身体健康，因此玉米烘干机必须配置除尘装置，现常用的除尘装置有两种，一种是电除尘器，另一种是袋式除尘器。
在稳定性上来说，玉米烘干机的尾气的含尘浓度、温度及成分等发生变化，对袋式除尘器收尘效率影响不大，袋式除尘器可以分室维修，而电除尘器容易受影响。对于环保要求较严格的地区及运转率高的玉米烘干机，比较适合用袋式除尘器。电除尘器排气阻力小而且稳定，对玉米烘干机工作影响小，而袋式除尘器排风阻力大而且清灰前后阻力波动大，对玉米烘干机作业有一定的影响。在糊袋或掉袋时，主机不能正常运行。因此，如果是玉米烘干机对稳定性要求很高时，选用电除尘器更好。
如果是看价格的话，那么袋式除尘器费用低于电除尘器，不仅运输费用低，而且安装量小。袋式除尘器的阻力大，主风机和清灰消耗能源较大，电除尘器主机耗能小，但电场耗电加上振打及电加热装置耗电，能耗很接近。因此，如果是处理量较小的玉米烘干机，建议选用袋式除尘器。
另一点，从操作方法上看，袋式除尘器根据进出口差压调整清灰周期，而电除尘器根据极板积灰厚度调整振打周期。相比之下，在维护保养时，对使用电除尘器对操作人员要求较高。在电除尘器上采用高电压和较多的机械转动装置，玉米烘干机操作人云须懂得电工和机械基本常识，而是用袋式除尘器维护工作体现在更换滤袋上比较麻烦。
至于玉米烘干机用户选用哪种除尘装置，还需根据自身实际情况来选择。