土壤黏重，长期积水的果园发病多、重；偏施氮肥发病重,除草、虫害或其他农事操作在茎基部位留下伤口，导致病菌侵入繁殖。这些原因都会导致百香果茎基腐病的发生，百香果茎基腐病在夏季雨水多时候发病重，因为发病部位偏下，不容易被察觉，地上部的黄化枯萎常被当做叶果部病害来防治。很多时候等到发现已经晚了，因此在这里提醒果农朋友们：巡园的时候看到叶子有发黄枯萎的，多注意观察茎基部和根部，以便及早发现及早治疗。
主要防治措施：
1、冬季清园茎秆基部涂白防寒、防病，对棚以下茎秆涂刷溃腐灵原液，此外冬季落叶后至次年萌芽前用溃腐灵60-100倍液全园喷雾消灭病源；
2、科学施肥，以生物有机肥为主，适当氮磷钾和中微量元素。不可使用未沤熟的农家肥；平衡营养，及时叶面施肥，在定植后，伸蔓期，初花期和壮果期，及时喷施靓果安300-500倍补充高能量物质和中微量元素，营养树体，促进果实表光，改善果实口感。
3、加强田间管理。二年苗在气温稳定15℃后，扒开茎基部土壤晾晒，促使茎基表皮老化防病；使用溃腐灵原液涂抹，结合青枯立克150-300倍灌根。剪除病残枝与茂密枝，采用篱形架、棚形架式搭架，增加园内的通风透光度，及时拔除发病严重的病株，并用生石灰进行土壤消毒。
4、发病严重救治无望的，及时刨出，带出园外销毁，并在病穴撒施石灰进行土壤消毒。
治疗措施：
对于发病植株使用溃腐灵原液涂抹茎基部位，或者高浓度喷发病部位，在土壤含水量下降后，使用青枯立克150-300倍+大蒜油倍灌根。
青枯立克、靓果安、溃腐灵属中草药制剂，通过灌根、喷雾、涂抹等方式，在树体内传导，不但杀灭作物体内潜藏的病菌，促进伤口愈合、修复伤口，恢复植物尤其是维管束的功能；还能直接补充多糖类、氨基酸类、多肽类等植物自身所需物质，参与代谢循环，增强树势。