秋番茄除了早防侵染性病害和虫害外，像落花落果、生理性卷叶、脐腐病、裂果等生理性病害的发生也很普遍，对番茄的品质和质量造成不小的影响，值得我们去重视。
一、落花落果：
1、温度不适
温度过高或过低都会导致花器官缺陷，发育不良，引起落花落果。一般番茄在夜温低于15℃或高于22℃，日温高于35℃时会引起大量的落花。
2、植株徒长、旺长
很多种植户为了让植株快速生长，偏施氮肥，尤其是使用速效性氮肥，夏季高温高湿的环境条件也容易造成植株旺长，抽走大量的营养，最终引起落花落果。
3、缺素引起
植株缺硼也能引起番茄大量落花落果。
4、土壤、空气湿度不当引起
水分过多或过低均会造成落花落果。
调控措施：
1、温度、光照条件的调控
番茄开花坐果期，白天所需温度为20~30℃，夜间最适温度为15~20℃。当棚内温度高于30℃时，就要及时进行放风降温，也可喷水降温，防止温度过高，导致落花落果的产生；棚内温度降到15℃以下时，就应及时拉遮阴网、覆盖草帘等进行保温。
2、水肥管理
番茄整个生长期需肥量较大，尤其是开花坐果期对肥料的需求量，故应在施足基肥基础上进行追肥，及时施用奥农乐微生物菌肥、有机肥，奥农乐可作为基肥、追肥和有机肥、农家肥一起使用。奥农乐中富含多糖类、生物碱类、氨基酸类、腐殖酸类、海藻素等高能量物质以及钾、钙、镁、磷、硫、铁、锌、硼、锰、钼等大、中微量矿物元素，可以提高植株叶片中叶绿素的含量、提高作物体内的酶活性，营养复壮作物、提质增产，提高植株自身免疫力、抗逆性；多种有益微生物可有效改良土壤，增加土壤的透气性，提高土壤中有机质的利用率，通过生物菌的固氮、固碳功能为作物补充营养。
生长期间根据植株不同时间段需水量，合理供水。
3、植株调整
对于非自封顶类型番茄可采用单干整枝或双干整枝。
4、品种选择
大果型品种易落花，小果型品种不易落花。注意选择不易落花的果型。
二、生理性卷叶：
主要与土壤、水分供应状况及农事操作管理有关。当气温高或干旱缺水时，水分供应不足，叶片气孔关闭而出现卷叶。土壤板结、盐渍化、酸化，植株根系不能正常生长，导致柱体长势弱，造成地上部叶片卷曲。
番茄定植时可以用青枯立克+地力旺蘸根，定制后浇定植水可配合青枯立克+地力旺灌根，中草药制剂中含有的鱼腥草素可以及时修复伤口，避免病原菌从伤口处侵染植株，还能为植株补充氨基酸类、有机酸、糖等高能量、风味物质，营养复壮作物，提高果实品质，果实品相好、口感好。
地力旺微生物菌剂可以改良土壤微生物环境，增加土壤透气、透水性，有益微生物进入土壤后在作物根际周围迅速繁殖蔓延，形成占位优势，抑制病原菌的繁殖蔓延，增强植株抗病能力。
及时做好整枝打杈工作，每次农事操作后及时喷雾中草药修复伤口，营养复壮作物，增强抗逆性。生长期间尤其是高温时期，容易爆发虫害，可以配上大蒜油一起用药，大蒜油的独特气味具有趋避害虫的特效，还具有杀菌的功效，主要成分是硫醚化合物，还可以开启作物的次生代谢，促进作物生长。
三、脐腐病
脐腐病在番茄种植中也较为常见，与水分不均衡、缺钙、土壤不好等有关系。
.脐腐果常发、重发区(地)，可选栽果形圆，果皮光滑、较厚的品种；番茄种植前，撒施奥农乐微生物菌肥、有机肥等，避免偏施氮肥，尤其是速效氮素化肥，更应防止一次大量施用，否则会阻碍钙的吸收，易造成脐腐果；做到适时灌水，均匀灌水，不可使土壤忽干忽湿，特别注意防止土壤过干；
坐果后30天内，是果实吸收钙的关键时期，此期间要保证钙的供应。可叶面喷施沃丰素、过磷酸钙等叶面肥。
四、裂果：
番茄裂果有顶裂果、放射状裂果、混合状纹裂果等，在选择品种的时候
要选择抗裂性强的品种，一般果形大而圆、果实木栓层厚的品种，比中小型品种、高桩型果、木栓层薄的品种更易产生裂果。
合理浇水，避免水分的忽干忽湿，特别应防止久旱后浇水过多或遇连阴雨，容易造成裂果。露地栽培时，平时要多浇水，避免突然下雨时土壤湿度剧烈变化，雨后及时排水。
番茄脐部裂果的一个主要因素就是矿质元素比例失衡。大量施用氮肥，影响作物对钙、硼元素的吸收，钙、硼供应不足可引起裂果，要补充钙肥和硼肥，调节土壤中各种营养元素的比例。及时喷雾沃丰素和钙硼肥。在干旱条件下，植株对钙的吸收也会受到影响，因此要均匀地浇水，以利植株对钙的吸收。