传说归传说，寿山石及田黄石在地质学上总有一定的成因。原来在地质的中生代（距今约2.3亿年到6700万年），在今日福建东部的范围内，曾出现过一次地质大变动，火山大爆发，大量岩浆突破地表形成了冲天的烈焰，伴随火山喷发带来大量的酸性气体、液体，交替分解了周围岩层中的长石类矿物，将其原先含有的比较活跃的钾、钙、镁和铁等元素分化，而保留下较为稳定的铝、硅等元素，这些含铝、硅元素的溶液，后来重新冷却结晶成矿，这就是分布在寿山乡群山中的寿山石诸矿。
至于田黄石，通行的说法是在数百万年前的第三纪末期，由于风雨的剥蚀，盛产寿山佳石的“高山”矿脉中的部分矿石从矿床中分离出来散落在溪旁的基础层上，以后逐步为砂土层所覆盖。这些矿石埋没于砂土中，天长日久，表面所含的三氧化二铁受周围土壤、水分及湿度等因素的影响，渐渐酸化，使石块改变了原有的面目，形成了独具特色的田黄石。
根据现有的地质学成果，我们知道寿山石的形成是低温热液矿，寿山石都是“填充”在花岗岩的缝隙之中的。但是我们目前所见到的田黄石，或其他“掘性独石”却都是单一的“寿山石”，而没有寿山石和花岗石“粘”在一起的石头。那么，是不是当初有极少的一部分低温热液矿未能填充到花岗岩的岩缝中，而是留在地表了呢？只有这样它们才可能在地壳的变动和风雨的剥蚀下从高山上滚落到山下去。只有这样我们才可能发现没有和花岗岩粘在一起的寿山掘性独石和田黄石。
我们不知道高山的原始地貌，但从今天的地貌看，高山是一座典型的锥型山峰，如果地壳变迁或风雨剥蚀，高山地表的寿山石原生矿应该往四周滚落下去。可是我们至今只在高山东南面的坑头溪及其下游寿山溪的流域发现了田黄。而同在高山之下，仅隔坑头溪数步之遥的大段溪，却至今没有发现过田黄。
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