江苏恒康种业发布洋葱的胚根入土后不久便会萎缩，因而没有主根，其根为弦状须根，着生于短缩茎盘的基部，根系较弱，无根毛，根系主要密集分布在20cm的表土层中，故耐旱性较弱，吸收肥水能力能力较弱。根系生长温度较地上低，地温5摄氏度时，根系即开始生长，10~15摄氏度最适，24~25摄氏度时生长缓慢。
洋葱的茎在营养生长时期，茎短缩形成扁圆锥形的茎盘，茎盘下部为盘踵，茎盘上部环生圆圈筒形的叶鞘和枝芽，下面生长须根。成熟鳞茎的盘踵组织干缩硬化，能阻止水分进入鳞茎。因此，盘踵可以控制根的过早生长或鳞茎过早萌发，生殖生长时期，植株经受低温和长日照条件，生长锥开始花芽分化，抽生花薹，花薹筒状，中空，中部膨大，有腊粉，顶端形成花序，能开花结实。顶球洋葱由于花期退化，在花苞中形成气生鳞茎。