在农作物栽培和城市绿化过程中，由于连年使用化肥，不仅造成土壤板结、肥效日减，还污染了环境，因此，化肥已被列为农业的3个污染源之一。微生物肥料的发展，不但能为农业生产提供新的肥源，还可以减轻化肥污染问题。
微生物肥料，俗称细菌肥料，简称菌肥。它是从土壤中分离出有益微生物，经过人工选育和繁育后制成的菌剂。微生物肥料属于一种辅助性肥料，其种类有根瘤菌剂、固氮菌剂、磷细菌肥料、钾细菌肥料、硅酸盐细菌肥料、抗生菌肥料以及根菌真菌接种剂等。现将其作用机理、施用方法和使用注意事项介绍如下：
作用机理
1．增加农作物营养。微生物肥料中重要的品种之一是根瘤菌肥料，施用后其中的根瘤菌可以侵染豆科植物根部，在其根上形成根瘤，生活在根瘤里的根瘤菌类菌体能将空气中的氮分子转化成氨，进而转化成谷氨酸类植物能吸收利用的优质氮素，以满足豆科植物对氮元素的需求。磷细菌肥料，一方面通过磷酸酯酶分解土壤中有机磷化物，另一方面通过微生物代谢，产生无机和有机酸溶解无机磷化物。钾细菌肥料，主要通过钾细菌代谢过程中产生酸性物质，促使含钾的矿物质分解，从而释放钾离子。硅酸盐细菌肥料，在代谢过程中，释放出大量的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的释放及螯合，改善土壤中养分的供应情况。vA菌根真菌可与多种植物根系共生，真菌丝可以吸收很多的营养供给植物吸收利用，其中对磷的吸收明显。此种菌根真菌对在土壤中活动性差、移动缓慢的元素如锌、铜、钙等元素也有加强吸收的作用。
2．刺激和调控植物生长。微生物肥料在施用后的生长繁殖过程中可以产生对植物有益的代谢产物，如硅酸盐细菌肥料可以促进赤霉素、生长素和其他活性物质的产生；固氮菌肥料可以分泌维生素B1、维生素B2、维生素、B12和吲哚乙酸生长素等，这些生长刺激素对作物的生长发育有一定的调节和促进作用。
3．减少或降低植物病虫害。微生物肥料的多种微生物可以诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、苯甲氨酸解氨酶、脂氧合酶、几丁质酶、β一1，3葡聚糖酶等参与植物防御反应，利于防病、抗病。有的微生物种类具有分泌抗菌素的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌，使病原微生物难以生长繁殖，从而降低了作物病虫害的发生。
4．增强抗旱能力。微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
5．改善作物品质。微生物肥料使用后，减少了化肥用量，使农产品品质有良好的改善。有的微生物肥料使用后，可增加产品中的维生素C、糖类和氨基酸含量。
施用方法
1．拌种。先将种子表面用水喷潮湿，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀黏满菌肥即可播种。
2．育秧。做床式或盘式育苗时，可将菌肥拌入育苗土中堆置3天后再做成苗床或装入育苗盘；做营养钵育苗时，先将菌肥均匀拌人营养土中，再做成营养钵。
3．穴施。先将菌肥与湿润的细土拌均匀，施在移栽或插秧的穴内，然后移栽幼苗或插秧。
4．蘸根。将菌肥加适量细土和水拌成泥浆，将移栽秧或扦插苗在泥浆中浸数分钟，然后带浆移栽或扦插。
5．追施。将菌肥配成菌肥水溶液，浇灌在作物行间或果树周围的浅沟内，浇完后即覆土。
6．喷施。有些液体菌肥，可作叶面肥施用，方法是加水后充分混匀，喷洒在叶片的正反面即可。
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