土壤微生物是生活在土壤中的细菌、真菌、放线苗、藻类的总称。其种类和数量随成土环境及其土层深度的不同而变化。土壤是人类社会赖以生存和发展的重要物质基础。全世界土壤退化持续加剧，土壤污染也日益严峻，严重威胁到农业生产、人类健康和全球生态安全。我国土壤资源极其匮乏，遏止土壤退化、提高土壤质量是保障我国粮食安全与生态安全的百年大计。土壤微生物是土壤zui活跃的成分，与土壤资源可持续利用密切关联。
土壤微生物中以真菌及细菌zui具重要性。真菌的主要作用是分解土壤有机质，它能进行矿化作用将碳水化合物分解及蛋白质氧化而转变有机质为腐殖质及其他矿质养分，它能在土壤中分泌黏液及利用菌丝捆绑土壤颗粒，促进土壤团粒化作用，它能固定空气中氮素，提供植物吸收利用，它能产生生理活性物质如抗生素等。细菌则常以无机物质为营养，利用无机物氧化作用摄取所需能量，而且以空气中之二氧化碳当作碳源，组成菌体组织，称为自营性细菌；另有些细菌以有机物作为养分，利用有机物分解摄取所需之能量，而且以有机物分解产物当作碳源及氮源，组成菌体组织，称为异营性细菌。由于细菌数目多且活性强，因此在土壤中表现很大的重要性，包括影响土壤肥沃度，与土壤中其他微生物活性密切关系，细菌充任土壤有机质腐败与分解的主要工作，促进硫、铁、磷、锰等化合物溶解，并可放出多量矿物质。