前已提到动植物遗体等有机物进入土壤后会分解为简单无机物质，提供活的生物继续生长所需能源与养分，使自然生态系统生生不息，此种分解作用，全赖土壤微生物进行。进行有机物质分解对微生物而言，有两个目的：一是为了获得生长所需的能源，二是为了夺取合成新细胞所需的碳氮物质。微生物利用其体内酵素，将各种不同大分子有机物质分解为单体，再将各种单体进一步分解成为简单无机物质如二氧化碳、氨、水等，在缺氧状态下则产生一氧化碳、甲烷，硫化氢等气体，因此动植物体内氮、磷、钾、硫、镁、钙等均可经分解而被释放到土壤中成为无机态，重新提供给生态系统利用。由于生态系统利用这些无机态物质，
于是有机物又再被合成，此种合成作用主要依赖土壤微生物进行，因此土壤微生物在土壤中的重要作用之一即为有机物分解与合成。