随着大棚菜的重茬种植，土传病害和自毒物质的积累日趋严重，尤其是土壤颗粒吸附的矿质元素越来越多，呈现不溶解态的化合物，引起土壤盐渍化。要改变土壤恶化的态势，单纯依靠化学农药进行土壤处理，显然是难以做到的。通过生物菌肥的施用，可以有效地解决土壤问题。首先，菌肥中的芽孢杆菌或酵母菌等，如果达到足够的数量，就会形成一定的有益菌群，有益菌群在作物的根际一是能限制有害微生物的繁殖侵染，抑制或“吃掉”有害菌，所以具有防治土传病害的作用。二是芽孢杆菌等能分解作物的自毒物质，也能分解土壤中已被固定的矿质元素，使多年不能被作物吸收的营养被重复激化利用，因而土壤中的含盐量也就逐渐减少，达到减轻盐渍化的目的。
生物菌肥中的有效菌数量，即活菌数是判断菌肥优劣的重要指标，一般以含活菌数每克达到2亿个以上的为好。活菌数与菌肥的母液或基质密切相关，如果基质含有较多的氮磷钾，活菌数就不可能太高，因为PH值的变化和基质的营养不足可能使有益菌不能存活。另外，土壤水分和地温也是限制生物菌作用的重要因素。购买生物菌肥时，一是要看品牌。二是看有益菌的含量，一般来说，活菌数越多越好。三是看出厂日期，半年期以内的比存放时间长的含量高。
生物菌肥的施用有基施、穴施、沟施和冲施，施用时要注意土壤湿度，当土壤湿度较大时，生物菌才能繁殖和扩展。其次是土壤温度要适宜，地温太高太低都能影响有益菌的存活和作用，一般超过35℃或低于12℃是不适宜的，所以用了生物菌肥后不能进行高温闷棚。再是生物菌肥可以和有机肥混施，有机肥同时作为有益菌的基质，为其提供更多的营养而增强其活性，但与化肥混施时一定要慎用，尤其是穴施、沟施和冲施时，化肥用量一定要少。另外，使用生物菌肥后，一般不能用杀菌剂进行灌根和冲施，特别是抗生素和铜制剂类。
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