紫外线杀菌器的杀菌原理是利用紫外线灯管辐照强度，即紫外线杀菌灯所发出之辐照强度，与被照消毒物的距离成反比。当辐照强度一定时，被照消毒物停留时间愈久，离杀菌灯管愈近，其杀菌效果愈好，反之愈差。紫外线是一种肉眼看不见的光波，存在于光谱紫射线端的外侧，故称紫外线。紫外线系来自太阳辐射电磁波之一，是物质运行的一种特殊形式，是一粒粒不连接的粒子流。每一粒波长253.7nm的紫外线光子具有4.9eV的能量。当紫外线照射到微生物时，便发生能量的传递和积累，积累结果造成微生物的灭活，从而达到消毒的目的。当细菌、病毒吸收超过3600~65000uW/c㎡剂量时，对细菌、病毒的去氧核醣核酸（DNA）及核醣核酸（RNA）具有强大破坏力，能使细菌、病毒丧失生存力及繁殖力进而消灭细菌、病毒，达到消毒灭菌成效。紫外线一方面可使核酸突变、阻碍其复制、转录封锁及蛋白质的合成；另一方面，产生自由基可引起光电离，从而导致细胞的死亡。
紫外线杀菌器使用条件：
（1） 水温：5℃~50℃；运用环境温度：-5℃~50℃；周围相对湿度：不大于93%（温度25℃时）
（2） 电压：交流电220V±10V，50Hz。
（3） 饮用水：进入处理设备的水质其1cm的透射率（T~100%；在原水质低于国家饮用水标准时（如：色度高于15度、浊度高于5度、含铁量高于0.3毫克/升），先选用其他净化和过滤等办法，使其净化合格后用紫外C水质处理设备净化。
（4） 饲养用水：通过砂滤或其它处理过滤后的淡水、海水。
（5） 污水：依据灭菌要求，进入处理设备的水质其1cm的透射率（T254）：≥40%；其它要求满足国家《污水综合排放标准》GB中的二级标准。
（6） 需求处理的水，如水质不能到达上述要求，应先通过适当的前处理，如絮凝、沉积、过滤等办法，以除掉水中各种杂质。