土壤污染主要来自两个方面，一是工业三废（废气、废水废渣）造成的环境污染以及用被污染的水灌溉枸杞，造成枸杞园土壤重金属超标污染。另外，是在枸杞栽培过程中过多施用化学农药和氮素化肥而造成的农药和硝酸盐等污染。农田土壤污染的主要金属是汞、镉、砷、铅、铬、铜等。污染环境的镉主要来源于金属冶炼、金属矿厂和使用镉为原料的电镀、电机、化工等工厂，这些工厂排放的三废都含有大量的镉，是毒性强的重金属，对人体危害很大，已被世界列入八大公害之一。污染环境的砷主要来源于造纸、皮革、硫酸、化肥、冶炼和农药等工厂的废气和废水。土壤受到砷污染后，由于阻碍植物水分和养分的吸收，产量明显下
降。污染环境的铬主要来源于电镀、制革、钢铁和化工等工厂。污染环境的铅主要来源是汽车的尾气，根据空气质量检测的结果表明，占汽车尾气中50%的铅尘都飘落在距离公路30米以内的土壤和农作物上。汞的污染主要是矿山开采、汞冶炼厂、化工、印染和涂料，以及含汞农药等的施用。汞对人体的危害很大，从人体排泄比较缓慢．是一种蓄积性的毒素。因此，在有机枸杞建园时，特别注意基地不能选择在距离污染源比较近的地方发展有机拘杞园，尤其是水能选择在未进打废水、废渣治理的下游建立有机枸杞园。