菌肥发酵剂是多菌复合，腐熟彻底，对有机物料有强大腐熟作用，能有效杀灭虫卵病害，杂草种子，有机物料经腐熟后，养分充分释放和分解，提高土壤有机质含量。
发酵后物料已经完全没有了粪便的臭味，手感蓬松。发酵好的有机肥一般可直接作为生物肥，也可以进入后续的生产工艺，如造粒等，以提高其经济附加值。根据腐熟原理制作好氧发酵堆，可以保证产生足够的高温，杀死其中的寄生虫及卵，以及杀死病菌营养体细胞，杀死杂草种子，以及尽量消耗掉物料中的能量如碳水化合物，以免将来施用到土壤中后，会造成烧根等不良现象。
发酵方法：将菌种激活后和辅料一起加到有机肥原料中拌匀堆积发酵。1瓶益富源菌肥发酵菌种可以发酵5吨有机肥。辅料可以是碎秸秆谷壳等，辅料的加入量根据物料资源情况而定，一般每吨粪便约添加辅料150-250kg，将主料、辅料和发酵剂充分混合均匀，水分调节到50-60%，即手捏成团，指缝见水但不滴落，松手落地即散；物料要求堆高最少80公分。
一般物料在发酵1天（冬天约2-3天）内部温度上升到50℃，当温度上升到60℃时开始翻堆，直到温度开始下降减少抛翻次数，温度保持相对恒定后即发酵完成，一般发酵时长半个月左右。
腐熟剂与配料应混合均匀，避免与消毒及抗菌药物一起使用，开封后尽快用完。发酵的好坏与发酵量有关，发酵太少，则不容易升温，一次堆料不少于4方，高度不低于80公分，环境温度在5℃以上为好，冬天生产应设法保温发酵。