有机肥对土壤有着化肥和普通农家肥无可替代的作用，经益富源菌肥发酵剂腐熟过的有机肥营养元素含量丰富，符合农业标准，安全无伤害，养分利用率更高。
(1）改良土壤，培肥地力。有机肥料中的主要物质是有机质，施用有机肥料增加了土壤中有机质的含量。有机质可以改善土壤物理、化学和生物特性，熟化土壤，培肥地力。
（2）增加作物产量和提高农产品品质，有机肥含氮、磷、钾等养分外，还含有多种糖类，氨基酸等物质，不仅可为作物提供营养，而且可以促进土壤微生物的活动
（3）提高肥料的利用率。有机肥含有养分多但相对含量低，释放缓慢，而化肥单位养分含量高，成分少，释放快。两者合理配合施用，相互补充，有机质分解产生的有机酸还能促进土壤和化肥中矿质养分的溶解。有 机肥与化肥相互促进，有利于作物吸收，提高肥料的利用率。
（4）提高抗旱耐涝能力。有机肥施入土壤后，可增强土壤的蓄水保水能力，在干旱情况下，可提高作物的抗旱能力。施入有机肥后，还可以提高土壤的间隙度，使土壤变得疏松，改善根系的生态环境，促进根系的发育，提高作物的耐涝能力。
（5）减轻环境污染。有机废弃物中含有大量病菌虫卵，若不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高，以及地表与地下水富营养化，造成环境质量恶化，甚至危及到生物的生存。因此，合理利用这些有机肥料，可减轻环境污染。