1、烧根，烧苗，熏棵，死棵
使用发酵不彻底的鸡粪后，当达到合适的温度湿度时，鸡粪便开始发酵，发酵产生的热量会烧苗、烂根、黑根、黄叶、黄化，严重时导致植株死亡。
尤其是冬春施用鸡粪安全隐患*，因为此时大棚内温度高，鸡粪发酵会散发大量热量，导致烧根现象；果园冬春两季使用鸡粪，正值根系休眠前后，一旦烧根，将影响养分积累和来年开花结果。
2、盐化棚内土壤，果实不开个
连年使用鸡粪，土壤中存留大量的氯化钠盐，平均每6方鸡粪含盐分30-40公斤，而每亩地含10公斤盐分已经严重制约土壤通透性和活性，固化磷肥、钾肥、钙镁锌铁硼锰等重要元素，出现植株生长异常，花蕾稀落，果实不开个等减产现象，显著制约了作物产量和质量的提高。
因此造成了肥料利用率直线下降，一年不如一年，增加了投入成本
3、酸化土壤，诱发各种根际病害和病毒病害
由于鸡粪pH值约在4左右，属于极酸性，会酸化土壤，致使茎基部和根部组织遭受化学创伤和严重破坏，鸡粪携带的大量病毒病菌，在湿度和温度一旦达到就会爆发病害。导致病虫害的传播，滋生病毒病、根腐病、疫病等病害，造成植株萎蔫，黄枯，僵苗、不开个；甚至死亡。
病毒病，疫病，茎基腐病，根腐病，青枯病成为使用鸡粪*明显的后遗症。
4、滋生根结线虫
鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。
线虫对化学药剂有极为敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下50公分-1.5米的深处躲避，所以很难根治。尤其对于3年以上老棚，根结线虫是*致命的隐患之一。
5、带入抗生素，影响农产品安全
鸡饲养过程中，饲料中国含有大量激素，防治病害也会使用抗生素，这些都会通过鸡粪带入土壤，影响从农产品安全。
6、产生有害气体，熏棵、死秧
产生有害气体，熏棵、死秧：鸡粪在分解过程中产生甲烷、氨气等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更严重的是产生的乙烯气体抑制根系生长，也是烧根的主要原因。
7、连年使用鸡粪，造成根系缺氧
连年使用鸡粪，造成根系缺氧：长势不旺：鸡粪施入土壤中，在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
8、重金属超标
重金属超标：鸡粪中含有很高量的铜、汞、铬、镉、铅、砷等重金属，还有较多的激素残留，造成农产品重金属超标，污染地下水源和土壤，有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。