沼气发电机的余热利用分为两部分，一是排烟的余热利用，二是发电机自身冷却热量的利用。目前，国内的发电机不提供机组自身冷却热量的利用，只有排烟的余热可用。余热利用有以下四种方案：
（1）热水型。利用发电机的余热可以产生90℃甚至更高温度的热水。这种形式在需要供暖的北方地区可以使用。
（2）烟气型。利用烟气的余热配合吸收式制冷机组，可以提供冷源负荷。
（3）蒸汽型。利用烟气的余热可以产生饱和蒸汽或者过热蒸汽，但是沼气发电机组的容量较小，蒸汽的产量较小。
（4）发电型。利用发电机的余热，配合螺杆膨胀动力机发电。