1.基肥。生产中避免施用未腐熟的有机肥料，或施用肥料的浓度过高，防止烧伤根系。底肥中以腐熟的有机肥加磷、钾化肥，如用普钙和硫酸钾或者用中氮、中磷富钾的复合肥做底肥，在基肥中施用普钙代替磷铵或施硝酸钙1Okg/亩以达根部补钙的目的。在基肥和追肥的比例上，增加追肥中的氮肥，减少基肥氮的比例。
2.追肥。追肥时应注意氮、磷、钾肥的配合施用，勿偏施氮肥。据调查，凡是每亩施用超过30kg纯氮以后，脐腐病发病率就比较严重，因此应当严格控制氮肥用量。
3.根外追肥。番茄结果后1个月内，是吸收钙的关键时期。此时宜采用根外追施钙肥，如喷洒l%的过磷酸钙，或0.5%氯化钙加5mg/kg荼乙酸的硝酸钙。从初花期开始，每隔10~15天1次，连续喷洒2 -3次。注意使用氯化钙和硝酸钙时，不可与含硫的农药及磷酸盐（如磷酸二氢钾）混用，以免产生沉淀。