犊牛腹泻的发生，与胎儿发育期的条件以及外界环境的影响有关。因地区和季节等的不同，犊牛患腹泻的情况也不一样。归纳起来，主要有以下几方面的原因引起。
1.细菌引起产肠毒素性埃希氏大肠杆菌(ETEC)、弯曲杆菌、沙门氏杆菌、产气荚膜梭状芽孢杆菌等均可引起犊牛腹泻。而ETEC是引起1周龄内的犊牛腹泻的主要细菌，其侵入犊牛体内后释放一种或两种肠毒素而导致犊牛腹泻。产气荚膜梭状菌是犊牛患肠毒血症的病原菌。
2.病毒引起轮状病毒、冠状病毒、星形病毒、盏形病毒、微病毒等都可引起犊牛腹泻，而轮状病毒和冠状病毒起着重要的病原学作用。
3.饲养管理不当 引起
4.应激引起由于新生犊牛消化器官的结构和功能发育不够完善，对外界环境的适应性差，所以在一些不良因素，如冷、热、噪音等的作用下常导致犊牛消化系统紊乱，发生营养障碍。例如，在人工喂奶时，精神和环境方面也会给犊牛造成应激作用并影响其对初乳牛免疫球蛋白的吸收，从而降低犊牛的抗病力，引起腹泻。又如，当犊牛受到恶劣气候以及大量摄人全乳等各种应激作用时，消化机能减弱，肠道内发生急剧变化，肠毒型大肠杆菌或产气荚膜梭状菌则易侵人体内并大量增殖，从而引起下痢或肠毒血症的发生。
5.隐孢子虫引起隐孢子虫是一种原生动物(球虫)，可导致新生犊牛暴发腹泻。隐孢子虫常寄生在犊牛空肠及回肠并吸附在肠细胞微绒毛上，只感染4日龄以内的犊牛，以6~17日龄的犊牛多发，通过消化道感染，死亡率可达30%。
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