近年来农田大量使用化肥和农药，使土壤中有机质匮乏，微生物种类和数量大大减少，其中包括一些能够抑制土传病害的有益微生物，如放线菌、木霉菌、芽孢杆菌等。另外，土壤中缺少腐生菌，植株秸秆不能快速腐烂，病菌有了更多的存活机会，导致枯萎病、根腐病、立枯病等土传病害逐年加重。
实现土壤生态平衡，可抑制土传病害的发生。需要掌握好两方面：一是增加土壤中的有机质，可施用农家肥、工厂化生产的有机肥、秸秆还田和种植草木樨等绿肥作物；二是通过施用菌肥增加有益微生物的种类和数量。菌肥中含有大量微生物，可改善作物的营养条件并分解土壤中的有机质，使其转变成能被植物吸收的养分。注意只有当有机物与有益微生物同时存在时，才能起到增肥防病的效果。
发酵有机肥可以使用益富源生物菌肥发酵剂，1瓶菌种可以发酵5吨。播种前可以喷施益富源土壤改良剂每亩3-5公斤再翻耕土壤，补充土壤有益微生物，预防重茬病害。