处于生长发育时期的儿童唇、咬物、吐舌、舔牙、张口呼吸常形成一些不良习惯，如吮吸手指、咬偏侧咀嚼等，这些不良习惯对儿童的口腔生长发育是有害的。
很多研究表明，口腔不良习惯是牙颌畸形的主要原因之一。儿童吮拇指习惯可造成上前牙前突，开唇露齿、牙弓狭窄、腭盖高拱、下前牙舌倾、下颌后缩等畸形。原因是拇指置于上、下前牙之间，阻止了上、下前牙萌出，迫使上前牙前突，下前牙现舌侧倾斜，进而导致下颌后缩、覆盖面积显著增大。长期吮吸手指，双颊收缩造成牙弓狭窄、腭盖高拱，不仅成为永久性畸形，更会导致语音障碍。
对于口腔不良习惯应尽早纠正，以防牙颌畸形的发生。同时，对已造成牙颌畸形的不良习惯，在矫治前应先行纠正。口腔不良习惯的纠正，首先要取得患病儿童的配合，家长和医务人员对患者应进行教育、诱导、监督，让其认识到不良习惯的害处，争取自行摒弃。再者，可以采取一些必要的措施，帮助纠正。
定期检查，早诊断、早治疗对于牙颌畸形的预防有积极作用。应定期口腔检查，发现问题，及时纠正。如儿童因龋坏造成乳牙缺失或因到了替牙时间，乳牙滞留影响恒牙萌出现牙颌畸形。提早拔除滞留乳牙往往造成新生恒牙牙齿排列不齐，应于间隙处设计缺隙保持器。