食品微生物超标是诸多问题叠加而形成，只有系统的解决，可确保食品微生物卫生安全性：
1、由生产时所用的工具、容器、周转箱、周转车、工作平台等，因消毒不及时，与食品直接接触而导致细菌二次感染。
2、包装材料储存间无空气消毒设备，导致空气细菌污染包装材料;在进入车间包装前未经过杀菌工序，因自身污染原因或过程中被二次污染。
3、 工作服、鞋靴消毒不彻底，由于清洗不及时或与私人衣服混放，相互污染后，通过人员进出将细菌带进生产车间，污染车间环境。
4、烘焙食品在烘烤之后还要在冷却车间自然冷却一段时间。这时候问题来了，如果冷却车间洁净度不够或环境微生物数量控制不好，极其容易导致产品受到空气微生物二次污染，从而导致食品细菌含量超标。