哈茨木霉通过营养竞争、重寄生、细胞壁分解酵素、以及诱导植物产生抗性等多重机制，对多种动物病原菌具有拮抗作用，具有保护和治疗双重功效，可有效减缓土传真菌病害。其代谢衍生物促进土壤中养分的转化、提升作物对养分的吸收率，刺激作物根系生长，有效提高作物的产量和品质。在苗床使用哈茨木霉菌，可提高育苗与移植的成活率，保持秧苗健壮生长。
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