有机肥养分全，肥效久，能改良土壤结构，培肥地力，还能供给养分，科学施用有机肥不仅为作物提供全面营养，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤理化性质和活性，有机肥不容易烧根烧苗，特别是有机农业、绿色食品的主要营养成分。具体施用应注意几点：
充分腐熟发酵后再施用。一是均衡了有机肥中的酸性，减少了硝酸盐含量，补充了水分，有利于与自然界土壤中微生物菌的组合应用；二是发酵后能杀灭有害生物病菌等直接给作物和土壤带来危害原粪肥中的寄生虫卵。
严格遵守测土配方比例施用。合理地将生物菌肥与农家有机肥、化肥相配合，坚持按“四类一体”配方平衡施肥技术，并按作物生长期营养需求指导施肥。
作基肥适当深施。尽量将有机肥深施或盖入土里，避免地表撒施肥料现象，减少肥料的流失浪费；
作物苗期基肥要深施或早施；生长期短的作物可作底肥一次性施入；生长期长的作物栽培施肥，应该分前后期来施用，做到“前轻、后重”，才能达到预期的目标产量效果。
有机肥虽然营养元素含量全，但含量较低，在土壤中分解较慢，在有机肥用量不是很大的情况下，很难满足农作物对营养元素的需要；而化肥营养元素的含量高，肥效迅速，可根据农作物需要量的多少，进行有针对性的补充，二者取长补短，发挥各自的优势，即可满足农作物对各种营养元素在数量和时间上的需要。
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