施用有机肥料，能促进土壤有机物质的转化作用，活化土壤潜在肥力并保持土壤能量的积累。土壤动物活动既消耗有机质，也能促进能量的转移。在植物物质、土壤动物、土壤微生物和土壤腐殖质台成的食物链循环巾，能量的流向最终是腐殖质。
有机物质如苜蓿残茬的腐殖化过程，有利于增加土壤能量。尤其是苜蓿根系腐殖化过程中的贫能物质淀粉和纤维素、半纤维素相对减少，而富能化合物蛋白质、木质素则相应地增加。研究结果表明，腐殖质化的苜蓿根系的比内能（即考虑土壤孔隙度情况下，每立方厘米土壤的千卡数）比新鲜根的要高得多。因此，含碳有机物进入土壤及腐殖化过程，可促使土壤比内能增加。
在一定程度上，土壤能量受加入土壤的有机物质数量的影响。而有机物质的产量又受气候等因子的制约。那么，气候因子间接影响土壤能量。我园南方耕作土壤每年合成的有机物质数量及形成的生物贮存量远近大于北方，由于植物种类不同，合成的有机物质的化学组成存在一定差异，并影响到还田土壤有机物质成分及参与物质转化的生物、生物化学过程。因此，还田的有机物质种类影响着成土的过程和方向。