我们知道夏季高温高湿对养猪是十分不利的，但如果是秋季遇到多雨，对于使用发酵床的养殖户来说，也不是一个好的消息，因为发酵床最怕潮湿，而且这个季节容易有许多其他问题出现：
呼吸道病开始增加，秋季昼夜温差变大，而猪舍保温措施一般赶不上温度的变化速度，这就容易使部分阶段的猪处于不适宜的环境；而突然变化的气候条件，往往就是疾病暴发的导火索。因为气候变化，首先容易引起的是感冒，而感冒没有得到及时治疗的话可能引发支气管或肺炎；这样呼吸系统的免疫功能下降，有害病菌容易侵入机体，引起面积更大危害更深的传染病疾病，进而引起全群感染。
所以，预防秋冬季呼吸道病，首先要从防止感冒开始，更为重要的是从预防环境突变开始。发酵床垫料有一定厚度，并且发酵床分解粪便的时内部会产生能量而发热，可以有效的去除潮气，发酵床垫料里有多种有益菌，可抑制有害微生物病原菌的产生和繁殖，发酵床养殖可以有效避免这些问题，发酵床养殖的话，圈舍的温度比较高，夜间也不会与白天温度相差太多，减少感冒发生概率。