双独立式蒸发冷凝器在使用的过程中，随着水热交换，水蒸发，水中残留的金属和钙物质的残留，长期就形成了水垢和污垢。水垢和污垢的形成出去，对制冷效率影响不是很明显。当污垢和水垢在管外形成一层致密的垢层的时候，就会严重的影响蒸发冷凝器的冷却效率。主要的影响表现有以下几点：
1、设备长时间工作，温度降低不明显，设备检测部件无损坏。
2、制冷时间延长，在降低到相同的温度的情况下，制冷时间延长。
3、喷水不均匀，水汽蒸发吸收热量少。
面对以上情况，通常都是由于设备长时间没有进行清理，管外层覆盖了大量的水垢，导致了散热的效率地下，因此，定期的设备保养和水垢清理也是保持蒸发式冷凝器正常工作的基本要求。设备在运行的过程中，不管的蒸发水，造成舱内长期处于潮湿环境。因此，蒸发式冷凝器的箱体厚度要达到一定的标准，镀锌层要达到一定的厚度。否则，在使用的过程中，就会比较容易收到腐蚀。在设备使用初期，我们可以添加电子除垢器装置来减少水垢的累积。人工我们可以采用盐酸进行酸碱反应，表层的水垢主要是钙物质。采用酸碱化学反应对表层的水垢进行清除。
在设备使用的过程中，我们可以设置专门的挡水板，将水与高温下的冷凝管无法接触，水垢就不会覆盖在冷凝管管外层，这是有效的预防水垢的产生。
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