按加工方法分类
1.木化石原石：就是没经过任何人工加工过的木化石。市场上这种树化玉比较难找，因为只有形状特别好的树化玉才不拿去加工，而形状特别好的又很少见。
2.剥皮打磨抛光木化石：由于木化石本身是树的化石，树都有树皮的，这些树皮颜色发白枯燥很不好看，只有把这一层表面树皮剥掉，再打磨抛光出来，才显示出木化玉的美。
3.喷砂加工木化石：当木化玉拿去打磨抛光时，由于加工工具的局限性，会完全改变了这个木化石的自然形状。近几年来，人们想出了用金刚砂高气压喷射到树化玉表面，把表面的树皮、杂质喷掉，留下其中的玉化层。这样就使木化石保持原始的自然形状，又能表露出木化石内部玉化的精美。不过，由于2010年喷砂工艺的限制，这种方法加工出来的木化石要喷上水或蜡水，才能达到打磨抛光料的光洁度。
按矿物学分类
矿物学分类为：石英木化石、玉髓木化石、蛋白石木化石。以石英为主，其次玉髓，蛋白石十分稀少。
从木化石的残余结构分析，部分蛋白石木化石己转变为石英木化石，尚见脱水作用下的弯曲裂隙残留。中生代时期形成的蛋白石木化石，由于时间长远，应力作用、热力作用及陈化，现已转变成石英木化石，只有新生代的蛋白石木化石才得到保存。
按颜色分类
1.白色木化石：矿物纯净度高，粒度均匀，组成单一，细胞残留色浅，细胞壁残留物极少，细胞形态主要从石英、玉髓交代、充填、堆积形成的细胞轮廓判断。树种多以水杉，银杏等非产树脂性植物为主，后期浸染作用微弱。白色木化石较少见。
2.灰色木化石：矿物纯净度高，粒度均匀，组成单一，细胞残留色深，细胞壁残留物较多，细胞形态主要从石英、玉髓交代、充填、堆积形成的细胞轮廓及明显的细胞壁判断。树种多以水杉，银杏等非产树脂性植物为主，后期浸染作用较强。灰色木化石常见。
3.黄色木化石：矿物纯净度高，粒度均匀组成单一，细胞残留色深，细胞壁残留物较多，树种多以松，柏等产树脂性植物为主，黄色在木化石中分布均匀，里、外一致，与原始木质相关，黄色木化石常见。另一种黄色木化石。由于Fe2O3的黄色矿物相的浸染作用，使木化石呈显黄色，这种黄色是不均一的，有浅深之分。
4.褐色木化石：矿物纯净度高，粒度均匀组成单一，后期氧化铁质浸染并深入细胞，残留色浅―深，细胞壁残留物少―较多，各树种均有。受Fe2O3的褐色矿物相浸染，使木化石呈显褐色。在木化石中整体呈褐色者少见，大多数呈斑块状、花斑状或一团团的分布。
5.红色木化石：矿物纯净度高，粒度均匀组成单一，后期氧化铁质浸染并深入细胞，受Fe2O3的红色矿物相浸染，使木化石呈显红色。在木化石中整体呈红色者少见，大多数呈斑块状、花斑状或一团团的分布，当木化石中充填、交代物为玉髓质时，常展现一种似玛瑙状的外貌。
6.绿色木化石：矿物纯净度高，粒度均匀组成单一，后期CuC03质浸染并深入细胞，受CuC03浸染，使木化石呈显绿色。孔雀石呈薄膜状附着于木化石表面及裂隙中，在木化石中常成片分布，也呈斑块状、花斑状出现。
特殊木化石
1.扁平、扭曲木化石：木化石形成后所处的地质结构不同，展现的形
碧玉沙漠漆木化石
状也各不相同，作者曾见于白垩纪地层中的松柏类石英木化石，在后期压应力作用下呈扁平状。在另一处四周为扭曲褶皱的侏罗纪地层，出露松柏类石英木化石，树干成“S”状。2.炭化石英木化石：曾有一炭化石英木化石，树干高约二米，树干直径一米余，奇特之处在于树干三分之二以上硅化，形成坚硬的石英木化石，三分之一为炭化后形成可燃性炭。形成机理推测认为系树干在生长时受到雷电的霹雳击中燃烧炭化，后埋藏地下硅化而成。
3.碧玉状木化石：碧玉状木化石系结晶细腻致密，经过铁质浸染后颜色成褐色调的石英木化石、玉髓木化石、蛋白石木化石，由于应力作用常压扃平状。
4.藻附着木化石：树木倒伏到江海中，尚未形成化石之前，江海生物、藻类衍生其上，之后地质运动形成生物木化石，此类木化石层层都有藻类等衍生，说明不是形成木化石后，再有藻类寄生，而是木质形态时（而且是朽木状态下，当初地质运动导致树木倾倒于水中，藻类等层层侵入软质的树木结构，从而导致立体多层面的侵入内部），荷塘月色蛐蛐叫从大量雨花石藻类寄生木化石上分析，断裂处截面，都有藻类，说明不是形成木化石后，再有藻类寄生（否则藻类无法深入到内部，因为石化的木化石是硬质的），形成后长期浸泡在低温的碳酸钙液体中，形成藻层纹的包裹现象。
5.水晶木化石：木化石形成后又遭受多次SiO2的作用，在木化石的有利地段、空间形成第二世代、第三世代的水晶。