一、软体动物
1、危害
常见的软体动物主要有蜗牛和蛞蝓等，生长在阴暗潮湿的草丛、落叶内或石块下昼伏夜出嚼食羊肚菌子囊果，严重危害羊肚菌。
2、防治方法
通过人工捕杀清除软体动物；
蛞蝓药剂进行防治措施：豆饼或炒香棉籽饼与敌百虫按10：1的比例制成毒饵，傍晚时候每亩地施撒4-5kg进行诱杀。
二、白蚁
1、危害 白蚁直接啃食菌种，造成严重损失。
2、防治方法
白蚁危害多发生在林地、腐殖质落叶丰富的不动土田地，因此可以通过播种前暴晒田地进行；对新开垦的田地在播种前，每亩地投放50-75kg生石灰，可有效地减少白蚁侵害；发生白蚁危害时，可用48%乐斯本乳油倍液喷淋防控。
三、老鼠
1、危害
嚼食菌种和幼菇。可以通过常规捕鼠或灭鼠手段防控。
四、跳虫
1、危害
跳虫会在土壤缝隙内活动嚼食羊肚菌菌丝；跳虫会钻进外源营养袋中，在袋子内繁衍生息，造成菌丝破坏和营养流失。
春季温暖湿润季节会嚼食子囊果，使得被嚼食过的子囊果部位发育受阻，容易导致其他病害的发生。
2、防治方法
播种前30天，对种植地进行翻耕，每亩地施入50-75kg生石灰，土壤翻耕后进行暴晒。
清除田间的农业废弃料，特别是玉米秸秆等含糖量丰富的杂物，可以有效减少滋生营养源。
水稻田的灌水作业也可以有效的杀灭跳虫及虫卵。
对于跳虫比较严重的地方，可以根据跳虫的喜水习性，在有跳虫的地方小盆盛清水，等跳虫进入盆中后再换水诱杀，连续进行几次，可以有效减少虫口密度。
五、螨虫
1、危害
螨虫主要危害菌丝体，同时也会咬食子实体。
2、防治方法
螨虫大量发生，可用杀螨剂处理畦面。
六、草害
1、危害
杂草、苔藓等植物大量发生的田块，羊肚菌的产量低。
2、防治方法
播种后用黑、白色薄膜覆盖畦面，可以有效控制杂草丛生，同时也可以适当进行通风，降低土壤湿度。
七、真菌病害
1、危害
真菌病害爆发会使得子囊果表面发霉，白色气生菌丝旺盛，从而使得菇体腐烂、死亡或畸形，严重影响品质。
2、防治方法
羊肚菌真菌病害目前暂未有确切防治办法，主要以防控为主，主要防控措施如下：
播种前对种植地暴晒7天以上，可以有效防治霉菌病害的发生。
避免出菇时节长时间高温高湿，需加强这段时间的通风、降湿、降温，防控病害的发生。
在播种补料环节，高温季节菇床会有不同程度的霉菌发生，这是就可以喷洒生石灰并掩埋。
对于镰刀菌，可以使用克霉灵或硫酸铜进行防控。
八、细菌性病害
细菌病害多发生于出菇环节，伴随着高温高湿天气爆发，主要危害症状为菌柄变红、腐烂、发臭。羊肚菌在接种前培养料要进行高温灭菌，营养包铺设前也要进行灭菌，菌种下土前，土壤要先用生石灰进行消毒，然后每亩喷洒益富源土壤改良剂3-5公斤调节土壤，下土后定期喷洒菌菇生态宝抑制病菌杂菌，保护羊肚菌生长。