虽然独立店有不少的好处，但单兵作战，立足竞争激烈的零售业，经营起来不免备感吃力，以下就独立店的商品采购、销售作业、库存管理、促销活动等五大方面，探讨其单兵作战的缺点。
(1)无法单一进货;
(2)厂商太多以致无法凭单进货;
(3)贪图大批进货的折价而致商品积压;
(4)没有商品配置规划;
(5)清洁不佳;
(6)陈列杂乱元系统;
(7)仓库存货太多;
(8)缺乏登录及管理;
(9)积压资金;
(10)欠缺服务性商品;
(11)欠缺一致性;
(12)缺乏销售技巧;
(13)无法举办大型活动，独立店缺乏品牌知名度，无法建立消费者的信心与安全感，同时更无能力也无法做形象广告、大型促销活动、公益活动等;
(14)很少有与厂商配合促销的机会，独立店即使有心投下金钱，以提升形象及举办促销活动，但厂商可能不大愿意配合，因其效果实在有限;
(15)促销成本增加，海报及商品目录因数量有限，在设计上及印刷成本上均高于连锁店。