水产养殖离不开水体的培养与调控，在实际养殖水产动物的过程中，最注意的恐怕也有水质问题，水质的好坏，是直接影响水产得病率和产量的，所以对于水体水质的维护，是必须要引起重视的。养殖户也都在不断的寻找好的维护水质的方法和技术，就比如使用EM菌来补充水质里的益生菌，来维持水质的生态循环，基本大型的水产养殖基地都已经开始普及使用。
水产养殖业使用EM菌的效果：
1 控制水环境中氨、硫化氢等有害物质含量，调控养殖池微生物生态结构；
2 增强水产动物免疫功能，预防病害，增进健康，降低发病率及死亡率；
3 促进生长发育、增重，增加产量；
4 无污染，成本低，收效大，改善肉质；
5 净化水质，改善环境，延长换水间隔。
6 减少病原菌，平衡微生态，减少药物的使用，保障环境安全；。
EM菌是一种新型的复合微生态制剂，呈棕色半透明状液体，pH值在3．5～4．5之间，由光合细菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌、醋酸杆菌等微生物复合培养而成，它有多种功能，概括起来主要有：促进动物生长、提高饲料的利用率、增强机体抗病性能、去除粪便恶臭、改善生态环境等。有人这样评价EM菌：它是集经济、社会、生态效益于一身的优良生物制剂，它的推广和普及必将引起养殖业的一场变革。那么水产养殖甲鱼该何时、怎样使用好旺农水产EM菌呢
下面从几方面阐述好旺农em菌的使用及方法。
1．池塘在春天注水后使用
渔塘清塘后，向塘里注水，每亩用1～2千克EM菌，代替石灰均匀喷洒，起到净化水体的目的。用时要注意两方面：一是要等到清塘药物毒性失去后喷洒；二 是不能和石灰同时使用。
2．定期在池塘中使用
在鱼种放养后，每亩用4千克“好旺农水产em菌液”定期泼洒水面，开始15天一次，以后1个月一次，若发现水质有恶化迹象，用量应增加。
3．投喂颗粒料时使用
由于水产EM菌具有节省饲料，降低成本，提高水产品品质等功能，所以在喂颗粒料时，可用较高浓度的刚菌稀释液喷洒颗粒料，以喷湿为度，喷完之后立目口就喂。
4. 渔塘使用粪便时使用
使用粪便肥水或作饲料时，都要发酵，然后再使用。如果在发酵过程中用好旺农EM菌处理，效果会更佳，它不但可以除氨去臭，还可以杀灭有害菌，具体用量为：“ 好旺农水产em菌液”与粪便比例为1：(200～300)。
5．防治鱼病上使用
在鱼病季节到来之前，如“大麦黄”时，草鱼肠炎病流行，此时可用EM菌拌饵，能够有效地预防肠炎病的发生流行。
好旺农EM菌在水产养殖上的应用与其发挥的作用越来越明显，深受养殖户的青睐，但我们在使用时也要注意以下几方面问题：
1．EM菌不能与杀菌药物、抑菌药物同时使用(若要使用药物应相隔5天以上)。EM菌应持续使用，一般间隔在15～30天使用一次。
2．水质恶化、底质污染严重的要加量使用(也可以配合其他的化学性改底产品“底净宝”使用)。
3．EM菌应在晴天上午使用，因为EM菌的活化和繁殖需要耗氧，防止造成池水缺氧。
4. EM菌应在常温下，避光保存。