初步投资生物有机肥厂需要的生产设备以及生物有机肥生产工艺组合流程：可以简单分为前处理、一次发酵、后处理三个过程。整个有机肥生产设备工艺流程具体包括新鲜作物秸杆物理脱水→干原料粉碎→分筛→混合(菌种+鲜畜禽粪便+粉碎的农作物秸杆按比例混合)→堆腐发酵→温度变化观测→鼓风、翻堆→水分控制→分筛→成品→包装→入库。
生物有机肥设备配置的建设规模一般为年产5000吨——10万吨。要综合考虑当地的资源、市场容量，市场覆盖情况。 生物有机肥设备投资规模及产品方案设计需要根据以下条件制订：原料资源特点，当地土壤条件，当地种植结构与主要作物品种，综合考虑当地的资源、市场容量，市场覆盖半径。 一般，小型新建厂以年产一万吨吨/小时）、二万吨吨/小时）、三万吨（4.5-6吨/小时），中型工厂在年产3-5万吨，大型工厂在年产5-10万吨。
投资规模及产品方案设计需要根据原料资源特点，当地土壤条件，当地种植结构与主要作物品种，工厂场地条件，生产的自动化程度等条件制定。 颗粒状生物有机肥设备，搅齿造粒机、转鼓造粒机、有机肥造粒机或者圆盘造粒或者对辊挤压挤压造粒等。有机肥生产工艺流程要求原料跟粉状肥基本一样，只是再需要添加粘结剂（膨润土或者凹凸棒）后，成品的颗粒需要转筒烘干机进行烘干。
影响生物有机肥肥效的关键因素
A、 菌种
不同微生物菌及代谢产物是影响生物有机肥肥效的重要因素，微生物菌通过直接和间接作用（如固氮、解磷、解钾和根际促生作用PGPR）影响到有机肥的肥效。
B、有机物质
生物有机肥中有机物质的种类和C/N，也是影响生物有机肥肥效的重要因素，如粗脂肪、粗蛋白含量高则土壤有益微生物增加，病原菌减少；有机物中含C量高则有助于土壤真菌的增多，含N量高则有助于土壤细菌的增多，C/N协调则放线菌增多；有机物中含硫氨基酸含量高则对病原菌抑制效果明显；几丁质类动物废渣含量高将带来土壤木霉、青霉等有益微生物的增多；有益菌增多、病原菌减少，间接提高了生物有机肥的肥效。
C、养分
不同生物有机肥的组成，其养分含量和有效性不同，如含动物性废渣、禽粪、饼粕高的生物有机肥，其肥效高于含畜粪、秸杆高的生物有机肥。
（8）注意事项
A、菌剂的保存：温度为4~20度，密封、避阳光直晒；如发现液面有少量白色漂浮物（菌膜）或底部有少量黄白色沉淀均属正常现象，摇匀后使用；
B、堆肥时使用井水、干净的沟渠或河水；
C、微生物肥料一般不和抗菌素、化学杀菌剂同时混合使用。