1、消毒防疫问题很多人认为做好发酵床以后，不能进行正常消毒了，怕影响微生物降解能力而造成死床。有研究表明：分别采用二氧化氯、威特消毒王两种消毒药对其消毒后，发酵床0cm~5cm，- 15cm 上的细菌数量随着消毒后时间的增加，细菌数量呈现一个先下降后上升过程。下降的过程说明是消毒剂起作用杀灭细菌的过程，上升过程说明，随着消毒后时间的延长，消毒剂的作用降低，细菌开始复苏。不同取样层细菌数量在消毒后48h 分别恢复到了70%以上，普通的消毒对30cm 以下的垫料的细菌数量几乎没有影响。从理论上来讲，发酵床本身就有生物热消毒功能（，中间层50℃左右的温度可杀灭绝大多数病原菌和虫卵，通过翻撬定期将表层垫料翻入中间层进行高温消毒，所以床体表面一般无需再用化学制剂毒。
2、 抗生素等药类使用问题发酵床只是一种给鸡换了一种福利化的生活环境，对养殖方法并没有做过多改变，正常的免疫程序必不可少，对发酵床也不会有任何影响。在发酵床环境养鸡，抗生素类药物可以逐渐用益生素类替代；饲料中的抗生素累积对垫料的影响可通过在饲料中添加益富源动物食用菌来消除。
3、 垫料成本问题根据地域不同，各种垫料价格差距较大。发酵床的垫料并不要求千篇一律，只要掌握好保水性与通透性垫料的配比，不同地区应充分考虑当地的区域资源优势。
4、 日常管理问题发酵床养鸡省时省力，比传统节约了很大的劳动量，尽管需要定期的翻动，相对传统养殖还是非常省力的，如果你垫料选择全部用锯末，属于保水性物质，长期使用容易板结，但是如果你用保水性和通透性物质合理搭配的话，发酵床可以一周甚至两周翻动一次。
5、 使用年限问题理论计算：垫料理想使用天数= [（25- 垫料碳氮比）垫料总量垫料含氮率]÷[（粪尿碳氮比- 25）（日产粪量粪含氮率+ 日产尿量尿含氮率]，在锯末和稻壳各一半的情况下，理论使用年限为4.06 年，考虑一些不可测因素的影响，一般的发酵床使用2~3 年是正常的。但使用年限受多种因素影响，一般注意以下几点可增加垫料使用年限：
（1）垫料一定要完全发酵腐熟后再使用，这也是对垫料的一个消毒过程；
（2）饲料中添加一些微生态添加剂，既通过粪便随时对床体进行补菌，又对鸡只本身的免疫力、饲料转化率有所提高；
（3）按发酵床要求控制养殖密度，避免床体超负荷工作；
（4）选择合格的发酵床菌种；
（5）当垫料下沉超过10cm时及时补料做过多改变，正常的免疫程序必不可少，对发酵床也不会有任何影响。在发酵床环境养鸡，抗生素类药物可以逐渐用益生素类替代；饲料中的抗生素累积对垫料的影响可通过在饲料中添加益富源动物食用菌来消除。