首先，要将待发酵的堆肥原料进行处理（如：畜禽粪便、农作物秸秆、杂草、落叶等），例如粉碎、筛分、混合等方式，将待发酵的原料进行合理的搭配、调节合适的水分、粉碎成适宜的粒度有利于通风供氧。在发酵期间，需要保证足够的氧气供应，才能避免有氧发酵的顺利进行。所以在传统的农家肥堆沤中，翻堆时会时有恶臭传出，这就是因为氧气供应不足，堆体内部发生了厌氧反应，所以，需要堆肥一个月之后，开始进行翻堆促氧。但是人工翻堆效率慢且不均匀，并不适应现代有机肥生产线的生产，所以需要借助现代有机肥发酵翻堆设备：翻堆机，工作效率块，翻堆相对均匀。
鸡粪有机肥加工设备有多种型号，根据养殖规模配置合理的肥料生产线能够充分利用其产能，节约资源。对于小养殖户来说，小型鸡粪有机肥加工设备完全可以满足鸡粪处理需求。以年产5千吨的鸡粪有机肥生产线为例，它包含了发酵、粉碎、搅拌、烘干、冷却、筛分、包装等工序，麻雀虽小，五脏俱全。该生产线日处理10吨左右鲜鸡粪，可满足大部分养殖户加工需求，可作为有机肥生产选购首选方案。
鸡粪有机肥成套设备的选型的几大要点
（1）确定有机肥设备的大小：比如年产多少万吨的，或者一小时生产多少吨的，才能确定价格。正常的有机肥设备厂家的成套设备的型号分为：年产万吨几个型号。
（2）确定颗粒的形状：是粉状的、柱状、扁球状或是标准园的。一般常用的造粒设备有：有机肥专用造粒机、圆盘造粒机、转鼓造粒机、对辊挤压造粒机、平模造粒机、环膜造粒机。造粒机的选型要根据当地肥料销售市场决定。设备不一样，价格也不同。
（3）确定鸡粪有机肥设备的配置高低：配置的高低不同，设备价格不同，用人工多少不一样。
（4）确定生产肥料的类型。一般的有机肥料类型分4种，纯有机肥、有机-无机复混肥、生物有机肥、复合微生物肥，品种不一样设备也小有区别。
（5）发酵翻抛机的选型：一般的发酵形式有，条垛式发酵、浅漕发酵、深槽发酵，发酵的方式不同，有机肥发酵设备也不一样。
（6）确定主要有机原料的种类：常见的有机原料有,鸡粪、猪粪、牛粪、羊粪、秸秆、药渣、糠醛渣、腐植酸、塘泥、城市污水处理厂的生活污泥等。原料不同，有机肥生产设备的选配也小有区别。