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一般分为气木式（气动式）和潜水泵（喷射式）推动式，原理一样，但气木式用于小型缸中，设计也较简单，因此用它来解释其原理:细如针孔的气泡 (由气木产生) 带动水流进入狭窄的管道：气泡从狭窄的管道逼出；无数的气泡黏着过多的蛋白质、微细污物，一边翻动，一边向上挤压；最后气泡把这些异物分离出水面，推向用以盛载污水、污物的杯中；而净水则从其它管道逼回水中。

注意: 因海水密度较高，气泡才能呈针孔般细小，因此才能进行物理分离效果。所以，如运用在较淡的水中(密度较小、气泡较大)，效能将稍微降低。(也因为如此，蛋白分离器未能应用在淡水鱼缸中。)