有机肥在制作过程中不仅进行高温杀菌杀虫，通过微生物完全发酵，并且很好地控制氧气和发酵温度，使有机物质充分分解成为直接形成团粒结构的腐殖质等，同时产生的氨基酸和有益代谢产物得以保留。使用后不会产生对蔬菜有影响的物质。
农家肥的种类繁多而且来源广、数量大，便于就地取材，就地使用，成本也比较低。有机肥料的特点是所含营养物质比较全面，它不仅含有氮、磷、钾，而且还含有钙、镁、硫、铁以及一些微量元素。这些营养元素多呈有机物状态，难于被作物直接吸收利用，必须经过土壤中的化学物理作用和微生物的发酵，分解，使养分逐渐释放，因而肥效长而稳定。另外，施用有机肥料有利于促进土壤团粒结构的形成，使土壤中空气和水的比值协调，使土壤疏松，增加保水、保温、透气、保肥的能力。
二者区别：
一是有益微生物差异
生物有机肥含有大量的有益微生物，微生物的活动能够改善土壤理化性状，抑制有害微生物的生长，促进作物生长;农家肥微生物含量较少，有益微生物和有害微生物共生。
二是肥效的差异
生物有机肥发酵时间短，腐熟彻底，养分损失少，肥效相对较快;农家肥露天长时间堆积，养分(特别是氮素)损失较多。
三是安全性差异
生物有机肥经过有益微生物的作用，基本消灭了畜禽粪便中原有的对作物生长有害的病虫。另外，生物有机肥经过发酵，充分腐熟后施入土壤，不会造成作物烧根、烧苗，而农家肥腐熟不彻底，用量稍大，就会出现烧根、烧苗，导致减产。
有机肥每道工序所使用的设备以及设备如下：
1、原料堆积发酵设备---槽式翻堆机和板链式翻堆机。实现一机多槽的新型设计，有效节约空间及设备投资资金。
2、新型干湿物料粉碎机--立式粉碎机和卧式粉碎机，内部结构有链条式和锤片式。无筛网，即使是物料从水里捞出来就粉碎也不会堵塞。
有机肥设备
3、全自动多仓配料机--根据客户的原材料品种设计为2仓、3仓、4仓、5仓等。在系统结构上采用中小型集散控制系统，实现了分散控制，集中管理的问题；本系统采用静态称重配料，动态均分物料，使配好的物料在进入搅拌器前就能达到很好的混合过程，吸收了动态和静态配料的各自优点；具有手动、自动切换功能，联机时，各控制单元按MODBUS通信协议互通信息，上位机远离操作现场，提高了系统的稳定性，改善了操作员的工作环境；
4、混合搅拌机--包括立式搅拌机、卧式搅拌机、双轴强力搅拌机、滚筒式搅拌机等。内部搅拌结构分为搅刀式、螺旋式等。根据物料的特性设计合适的搅拌结构。出料口设计为气缸控制和挡板控制。
5、有机肥专用造粒机--包括圆盘造粒机、新型湿法造粒机、抛圆机、转鼓造粒机、包膜机等。根据原材料的特性，选择合适的造粒机。
6、回转式烘干机--别名滚筒式烘干机，生物有机肥烘干机，因为有机肥烘干时温度不能超过80°，所以咱们的烘干机采用热风烘干模式。
有机肥设备
7、冷却机--和烘干机外形相似，但是材质和性能不同。烘干机主机采用锅炉钢，冷却机主机采用碳钢板定制。
8、筛分机--包括滚筒式和振动式。筛分机分为三级筛，二级筛等。
9、颗粒包膜机--主机外形和烘干机、冷却机相似，内部构造相差很大。包膜机内部采用不锈钢板或是聚丙烯内衬。整机包括配套用的扑粉机和油泵。
10、自动计量包装机--包括螺旋式和直流式、单机头和双机头，材质有不锈钢和碳钢，根据客户实际需求定制。
11、输送设备--包括皮带输送机、螺旋输送机、斗式提升机等。