防治中要做到保护与杀菌并重。（1）春季在果树发芽前，结合清园，用溃腐灵300倍全园喷施，可以有效的压低腐烂病菌数量，减轻当年发病率。
（2）落皮层形成期**保护剂+杀菌剂+枝干涂抹肥涂抹主干和大枝茎基部等腐烂病易发部位。
（3）秋季苹果采收后，树体消耗较大，长势变弱，进入腐烂病全年危害的高峰期，此时应用溃腐灵300倍+沃丰素600倍喷雾，为树体补充营养同时潜藏在树皮枝干中的病源。
（4）北方的冬季寒冷，树体愈合能力低，但腐烂病菌亦有侵染，因为要注意树体保护，注意修剪适度后移，修剪后注意剪、锯口保护，用溃腐灵原液涂抹，可修复受损的细胞，增强树体的抵抗力，不给病源可趁之机。
患病果树，可用沃丰素600倍喷雾，重点喷枝干；同时用青枯立克100-300倍+大蒜油1000倍+沃丰素600倍灌根，重点在毛细根区和树茎基部。