秸秆发酵有机肥的目的就是提供一种生产有机肥的方法，即运用现在生物工程技术对秸秆、人、畜禽粪便进行处理，将秸秆中的氮、磷、钾及微量元素分解出来，并去污去臭。使农作物以改良土壤结构，提高农作物的产量。
有机肥的生产原料很多，具体可以分为以下几类： 1、农业废弃物：比如秸秆、豆粕、棉粕等。 2、畜禽粪便：比如鸡粪、牛羊马粪、兔粪； 3、工业废弃物：比如酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、糠醛渣等； 4、生活垃圾：比如餐厨垃圾等；5、城市污泥：比如河道淤泥、下水道淤泥等。
秸秆有机肥生产线技术工艺
先将鸡粪与适量秸杆粉参合，掺入多少视鸡粪含水量而定，一般发酵要求45%的含水量，也就是手捏成团，手指缝见水，但不滴水，松手一解即散。然后添加玉米面和菌种，玉米面的作用是增加糖分，供菌种发酵用，使多维复合酶菌很快占绝对优势。再将配好的混合料加入搅拌机进行搅拌，搅拌一定要匀，要透，不留生块。搅拌好的配料堆成宽1.5米-2米，高0.8米-1米的长条，每2天用翻抛机翻抛一次。堆制2天升温、4天无臭、7天松散、9天变香、10天成肥。具体讲就是堆制第2天温度可达60℃-80℃，杀死大肠杆菌、虫卵等病虫害;第4天消除了鸡粪的臭味;第7天堆肥变得松散干爽，长满白色菌丝;第9天发出一种酒曲香味;第10天菌肥便发酵成熟，稍加晾干便可用半湿物料粉碎机粉碎，经有机肥造粒机造粒，再经过烘干机烘干脱水，然后经过筛分机筛选，成品有机肥就做好了，就可以装包储存了。
有机肥生产的基本流程:
有机肥在制造过程中，可分为两个工段：发酵工段与造粒工段。堆肥发酵工段中畜禽粪便等有机固体废物经发酵、腐熟、脱水、除臭后粉碎过筛即成（粉状）生物有机肥，过筛后的粉状生物有机物进入造粒工段，造粒过程中腐熟成熟后的物料经过造粒、冷却、筛分、包装后即成颗粒生物有机肥。