影响发酵效果的因素有良多种，其中比较重要的有以下几点。
1、含水量：好氧堆肥物料的含水量一般保持在45—65% 。含水量过大，物料间隙含氧不能知足微生物菌对氧的需求；含水量过小，可溶有机质活动性变差，阻止养分对微生物的供给。
2、氧量和温度：好氧堆肥的实际透风时间根据堆温丈量控制。初期可以减少翻堆次数有利于堆温升高，当温度升高到70摄氏度左右时，要及时翻堆，使堆温不至于超过70摄氏度。70摄氏度以上时，微生物呈孢子状态，微生物的活性几乎为零。
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3、pH值：在堆肥过程中，物料的Ph值会跟着发酵阶段的不同而变化，但其自身有调节的能力。Ph值在5-8之间对堆肥无影响，偏离此范围，要对物料进行调节，如掺入成品堆肥。堆肥结束时的Ph值几乎都在8.5左右。
5、团粒度：控制在15-50毫米为宜。
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