高新技术企业是在国家重点支持的高新技术领域内，创新是企业发展的根本动力，高新技术企业认定政策是一项引导政策，东莞高企认定走自主创新、持续创新的发展道路，激发企业自主创新的热情，提高科技创新能力。
1、东莞商标注册企业基本信息填写错误
常见的情况有：公司名称中粗心遗漏了省、市。比如：“东莞市XX有限公司”填成了“东莞XX有限公司”；国家高新技术企业认定管理工作网的系统注册码填成了统一社会信用代码；
2、研发项目表述缺乏针对性
有时候高新技术企业申报书的填报人员为了赶时间省功夫，对各研发项目的文字表述缺乏凝练，没有充分体现不同研发项目之间的差异化、立项必要性，导致同一个企业的不同研发项目的立项目的和组织方式类同。
3、企业提交的材料不清晰
东莞高企认定有些大型企业的研发项目多、财务资料多、知识产权多、研发项目过程的佐证材料多、销售合同多、检测报告多等等，然而按要求申报时上传的单个附件大小不可超过5M。为了达到可上传文件的大小，一些申报负责人往往会过度压缩文件，从而导致上传的文件变得模糊不清。
4、科技成果转化提交的材料过于简单
在高新申报的整套材料中，最容易出现问题的部分是成果转化，一些企业除了没有办法做到技术成果与产品（服务）一一对应，还出现提交的科技成果转化佐证材料过于简单的情况。
5、研发组织管理制度不完整
通过百度抄袭研发组织管理制度，但是没有根据企业实际情况进行修改，在制度中直接出现其他地区、其他企业的名字。制度写明了有具体金额的奖励激励方式，但没有材料中没有出现相应的发放奖金、汇款或现
6、会计师（税务师）事务资料不全
7、缺乏高新技术产品（服务）收入的归集、核算及其佐证材料：东莞专利申请如知识产权受理通知书或者授权证书、新产品新技术证明、检测报告、查新报告、销售发票等其他相关证明材料。
8、企业未及时办理更名
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