1、依据不同：
城市排水许可证依据《城市排水许可管理办法》；排污许可证依据《排污许可证管理办法》。
2、发放范围不同：
城市排水许可证发放对象是向城市排水光武及其附属排放污水的排水户；排污许可证原则上包括所有向环境直接排放或间接排放污水和废气污染物的点源排污单位。
3、排放要求不同：
仅对于城市纳管排水户来说，城市排水许可证对其水量、入网水质做了规定；排污许可证还增加了污染物总量控制的要求。
排污许可证和城市排水许可证的联系：
1、城市纳管排水户应同时申领排污许可证和排水许可证。
2、城市纳管排水户排放污水必须同时满足排污许可证和排水许可证的要求。