一般进出口企业和报关公司在三证合一后，在工商三证和以后，还有一个海关变更的手续要办理，深圳海关注册登记证变更的流程如下：
一、在中国电子口岸系统里发起变更申请
登陆中国电子口岸网站
点击海关新政审批网上办理平台
三证合一海关变更
企业注册登记
企业注册信息变更申请板块填写、更改信息后发起申请
注意：之前曾有用户反馈修改信息后出现问题，在这里深圳报关公司提醒广大进出口企业和代理报关行，很多企业错误的进入了电子口岸执法系统，并修改了电子口岸执法库中的数据，最终会影响企业IC卡的使用！
所以，切记！不要擅自进入电子口岸执法系统里更改执法库中的数据！
二、在中国电子口岸系统发起申请后，携带以下资料至主管海关现场办理变更
1、加载统一社会信用代码的营业执照副本原件及复印件；
2、《报关单位情况登记表》（南京海关门户网站—办事指南—企业管理里）；
3、 《中华人民共和国海关报关单位注册登记证书》原件及复印件；
4、经办人身份证原件及复印件、单位介绍信；
5、其他主管海关要求的资料。
三.电子口岸变更需提供的资料如下：
1、中华人同共和国海关报关单位注册登记证书
2、新的营业执照原件或复印件
3、电子口岸法人卡、操作员卡
4、内资：对外贸易经营者备案登记表 外资：中华人民共各国外商企业投资证书
5、企业公章
以上就是在三证合一后，进出口企业和代理报关公司需要办理海关变更的流程及资料！