畜禽粪成分主要是纤维素、半纤维素、木质素、蛋白质及其分解成分、脂肪、有机酸、酶和各种无机盐类。
粪肥与生物菌肥配合使用可以加快粪肥的分解，加快泥土改良的速率。粪肥中的物质可促进生物菌的繁殖，巩固有益菌对根系产生的保护和促生效果。
腐熟粪肥，特别是禽粪含盐分较重、易使泥土盐化，升高泥土盐浓度，严峻时会导致种子不发芽、烧苗、烧根。还会产生有害气体，毒害植物。
粪肥的腐熟目前有三种常用的方法：
一是结合高温闷棚进行粪肥腐熟。夏季棚室休闲期长，可结合高温闷棚进行粪肥腐熟，腐熟发酵的过程也是改良泥土的过程。在发酵腐熟过程中，泥土中的微生物非常活跃，能够促进泥土团粒结构的形成。
二是棚外堆闷。有足够的时间可以天然堆沤发酵，而时间较短时可以在堆闷腐熟时使用生物腐熟剂。
三是使用菌剂快速发酵。常用的有ETS菌群等，能缩短发酵腐熟时间。