主要用于杀菌牛奶，羊奶，骆驼奶等奶制品的杀菌，同时还可以应用于啤酒，鸡蛋液，蜂蜜，豆浆等液体类的杀菌。主要原理就是巴氏杀菌原理，也就是低温杀菌，也就是不超过100℃给奶杀菌，巴氏杀菌能够保留牛奶中的有益菌的同时， 灭掉大肠杆菌等有害菌。杀菌设备杀菌时间5-40分钟可调；杀菌温度50—99摄氏度可调并设有自动控温装置。杀菌槽加有保温设施并设有温度补偿装置，有效保证了槽内水温的均衡性，保证杀菌效果。
客户将鲜奶整体储存在鲜奶储存罐中，此鲜奶储存罐通过压缩机降温，具有低温保存作用，需要杀菌时，开启连接储存罐与8并联立式巴氏杀菌罐的离心奶泵，通过350#导热油或热水进行过滤杀菌，杀菌用时为2-2.5小时左右，杀菌温度为85°。杀菌完成后，通过奶泵打入过滤器中进行二次过滤，过滤完成后，将巴氏奶打入均质机中均质。均质完成后，开启离心奶泵，将巴氏奶打入预冷罐中，预冷罐是使用冷水进行降温，降温时间为1-1.5小时左右，一般降温到45°以下才能打入压缩机制冷的冷藏罐中，否则对奶的品质和设备使用寿命都有影响。降温完成后，开启连接预冷罐与冷藏罐的离心奶泵，将巴氏奶打入冷藏罐进行储藏。
当今使用的巴氏杀菌程序种类繁多。“低温长时间”(LTLT)处理是一个间歇过程，如今只被小型乳品厂用来生产一些奶酪制品。“高温短时间”(HTST)处理是一个“流动”过程，通常在板式热交换器中进行，如今被广泛应用于饮用牛奶的生产。通过该方式获得的产品不是无菌的，即仍含有微生物，且在储存和处理的过程中需要冷藏。“快速巴氏杀菌”主要应用于生产酸奶乳制品。