皇岗口岸重建
皇岗口岸位于福田区南端，2003年1月实行旅检24小时通关，是我国第一个实行24小时通关的口岸，也是目前深港之间唯一运行的24小时通关口岸。皇岗口岸建成至今已30年。深圳市已计划对皇岗口岸进行重建，并由原深圳市规划国土委牵头开展了深港科技合作创新区空间规划和皇岗口岸重建专项规划研究。目前初步形成口岸原址重建和异地重建两类方案。
沙头角口岸重建
而1985年建成启用的沙头角口岸消防、空调系统和旅检楼用电线路等设施设备陈旧老化，口岸旅检楼多处墙、地面出现裂缝和不均匀沉降现象，存在安全隐患，计划对沙头角口岸联检楼拆除重建。
沙头角口岸于1985年建成启用，目前《沙头角口岸重建项目可行性研究报告》已编制完成，正在会同盐田区政府进一步优化方案。
莲塘口岸开通
目前进度：
莲塘口岸于2013年11月正式动工建设，目前总体工程（除“一站式”项目建设外）基本完成，场地配套完成总工程量95％，已进入查验单位设备安装阶段。
开通时间：预计在2019年3季度具备开通条件
深圳口岸调整
针对客运和货运在深圳市不同区域发展的特点，深圳计划对现有陆路口岸功能定位进行调整。目前的调整方案为在罗湖口岸和福田口岸纯旅检功能不变的情况下，保留深圳湾口岸货检功能，取消皇岗口岸、文锦渡口岸和沙头角口岸货检功能，调整后东部跨境货运车辆统一由莲塘口岸出入境，西部跨境货运车辆统一由深圳湾口岸出入境。
具体来说，福田口岸将主要服务深圳市内客流，皇岗口岸将主要服务城际客流，宝安机场口岸主要服务城际客流，深圳湾口岸则是侧重公路车辆的跨界运输。深圳西部地区新口岸也将接入城际线和地铁，提高交通的纾解能力和服务水平。