独立式发酵床是指将垫料原料、发酵床场所与动物栏舍分离分开设立，一般为在离动物养殖舍不远的地方建设发酵床大棚的形式， 养猪过程中产生的粪尿，经过沟渠或刮粪收集，进入到集污槽或集污井中，通过边搅拌，边用管道泵打到这独立的发酵床大棚中来，均匀的淋在发酵床垫料中，然后，有一台移动式的搅拌机，对加入的粪尿和垫料进行搅拌均匀，基本上一天搅拌1次，如下图；实际上就是一种独立发酵床处理粪尿的环保工程。
这种独立式的发酵床的处理能力为：每天可以处理占垫料体积2.5%的重量的粪污，例如某独立式发酵床，长30米，宽5米，面积为150平方米，如果垫料的厚度为60公分厚，则一共有垫料体积90立方米，每天则可以处理猪鸡粪污90*2.5%=2.25吨，这可能相当于400头肥猪的排泄量，或10000只鸡鸭的饲养量的粪污的处理量；总之是平均每头猪（平均是指中猪）占用垫料体积0.2立方米或以上，平均每25只家禽占用垫料体积0.2立方米或以上；
独立式发酵床对猪鸡鸭等粪污都可以处理，初次建设时，用益富源发酵床复合菌的用量为每瓶发酵床复合菌种（发酵床菌种发酵的菌液20公升），加5公斤玉米粉搅拌混合后，均匀的播撒用于10立方米垫料中，均匀的撒匀于垫料表面10公分内，简单的人工耙一下即可，等待机械翻耕。一般每1～5天左右，将收集于集污池中的粪污边搅拌，边用泵均匀的打到独立式发酵床垫料中，然后开动翻耙机，进行翻耕，发酵床应该在1天以内启动发酵，产生温热和温度。每半个月补充发酵床菌液一次，每次每立方米补充500ml菌液，用少量的水浸泡半小时均匀的泼洒下去即可。发酵床中的水份都是通过空气中挥发的，所以，需要定期换气排气。