种蛋收回后， 应立即清洗， 以保持蛋的清洁与干净， 防止微生物污染。清洗时， 好用流动的温水清洗； 在盆里清洗时每洗一个
蛋后应换水， 而且盆子也应彻底清洗， 整个清洗过程不要超过2～3min。清洗后让其自然干燥， 禁止用湿布擦拭， 有条件的， 可喷以1%来苏儿等消毒液， 也可采用熏蒸消毒， 以免破坏种蛋表面的保护层。
清洗时， 禁止用冷水。因为如果蛋内温度高于水温， 蛋内容物则受冷收缩， 导致脏水吸入蛋内而造成新的污染。
另外， 也应防止搬运时的污染。人们的手往往带有许多微生物， 因此在手接触种蛋前， 一定要用含消毒液的温水洗手或用消毒的毛巾搬运。
蛋的清洗必须在贮存前进行， 干净的蛋可以直接贮存。但无论如何不能刮擦蛋壳， 以免微生物通过蛋壳破损处侵入蛋内而增加污染的机会。