采用保护区和保种场保护。从1976年开始淅川县畜牧场设立了南阳黑猪保种场，组织专业技术人员到南阳黑猪中心产区搜集选购种公、母猪。到1986年保种群存栏有7个血统的种公猪9头，37个血统的繁殖母猪78头。2001 年以后畜牧场改制，保种场被个体承包，保种群7个血统的7头公猪、31个血统的48头母猪改由周边乡镇农户饲养。
1976年南阳黑猪保种场建立时，建立有品种登记制度，从2004年开始，淅川县畜牧局设置荆关、寺湾、西簧等保护区，重新建立了品种登记制度，内容包括种猪补贴办法、配种登记制度、补减栏登记制度等。南阳黑猪数量下降暂时缓解。南阳黑猪1986年收录于《中国猪品种志》。 1978年淅川县畜牧场在南阳黑猪产区最早引进外来瘦肉型种猪大约克夏猪和长白猪，并于1979年、1980年进行杂交繁殖试验和杂种代育肥试验。 经产母猪杂交繁殖的窝产仔数、 窝产活仔数、20天泌乳力等均比纯种繁育有所提高。
2006年调查时南阳黑猪杂种比率在93%以上，纯种繁育猪在7%以下。