食品经营许可证和食品流通许可证本质上没有区别。为全面贯彻落实《中华人民共和国食品安全法》、《食品经营许可管理办法》等法律、法规及规章要求，国家食品药品监督管理总局决定自2015年10月1日起，正式启用《食品经营许可证》，食品流通许可和餐饮许可合并为食品经营许可。
食品流通许可证是以前，做食品批发、零售需要办理的。食品经营许可证是包括不需要拿食品生产许可证的小作坊、餐馆、糕点铺和经营批发、零售的商店等。区别是以前的流通许可证不包括加工，而经营许可证是合并了卫生许可证和流通许可证，是范围大小问题。
食品经营许可证所需流程：
经营面积在50平米以下无需验场
所属工商局或工商所递交申请材料
10-15个工作日内可领取回执
食品经营许可证所需资料：
1、食品经营许可申请书
2、营业执照副本原件
3、公章
4、法人身份证
5、地址面积多大.
6、食品安全管理员证
7、店铺平面图